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pISSN 2950-9114 eISSN 2950-9122
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Report On Proficiency Testing

Lab Med Qual Assur 2022; 44(2): 61-75

Published online June 30, 2022


Copyright © Korean Association of External Quality Assessment Service.

Report on the External Quality Assessment Scheme for Genetic Disorders and Other Human Genetics Molecular Diagnostics in Korea (2018–2021)

Heerah Lee , Boram Kim , Man Jin Kim , Jee-Soo Lee , Sung Im Cho , Ho Seop Shin , and Moon-Woo Seong

Department of Laboratory Medicine, Seoul National University Hospital, Seoul National University College of Medicine, Seoul, Korea

Correspondence to:Moon-Woo Seong
Department of Laboratory Medicine, Seoul National University Hospital, 101 Daehak-ro, Jongno-gu, Seoul 03080, Korea
Tel +82-2-2072-4180
E-mail MWSeong@snu.ac.kr

This is an Open Access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution Non-Commercial License (http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0) which permits unrestricted non-commercial use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original work is properly cited.

The human genetics molecular diagnostic proficiency testing program of the Korean Association of Quality Assurance for Clinical Laboratory conducted two trials annually from 2018–2021. The program consisted of the same 20 test items throughout the four year period while the number of participating laboratories fluctuated depending on the test item. The survey included hereditary breast and ovarian cancer genes (BRCA1 and BRCA2), Li-Fraumeni syndrome (TP53), Wilson disease (ATP7B), achondroplasia (FGFR3), hearing loss and deafness (GJB2), Avellino type corneal dystrophy (TGFBI), multiple endocrine neoplasia 2 (RET), Huntington’s disease, spinocerebellar ataxia, spinal and bulbar muscular atrophy, mitochondrial encephalopathy with lactic acidosis and stroke-like episodes, myoclonic epilepsy with ragged red fibers, Leber hereditary optic neuropathy, Prader-Willi and Angelman syndrome, Duchenne muscular dystrophy, spinal muscular atrophy, fragile X syndrome, apolipoprotein E genotyping, methylenetetrahydrofolate reductase genotyping, and ABO genotyping. The survey showed high confidence levels and improved overall performance. A method-based proficiency test survey for molecular diagnostic testing serves as a useful approach to assess the performance of clinical laboratories.

Keywords: Laboratory proficiency testing, Molecular pathology, Molecular genetics, Molecular biology

2018년부터 2021년까지 유전질환 진단유전검사와 기타 진단유전검사 신빙도조사는 전체 회원기관에게 참가신청 조사를 하여 매년 2회 시행하였다. 유전질환 진단유전검사는 20종의 유전질환 및 유전자 항목에 대해 다양한 유전변이를 포함하도록 구성하여 회차별 2종의 DNA 검체를 참여기관에 배포하였다. 기타 진단유전검사는 ABO 유전형 검사항목에 대해 다양한 조합의 유전형을 구성하여 2종의 DNA 검체로 배포하였다.

신빙도조사는 매해 상반기에 1회, 하반기에 1회 시행하였다. 신빙도조사 항목의 매년 회차별 검체와 검체번호, 예상결과, 전체 참여기관 수, 예상결과와 일치하는 보고를 한 기관 수는 Table 1과 같다. 신빙도조사 항목별로 각 기관의 검사방법을 조사하였고, 이에 따라 검사방법별로 검사결과를 비교 분석하였다. 신빙도조사 항목별로 참여기관의 보고결과를 acceptable 혹은 unacceptable로 평가하였다. Acceptable 및 unacceptable의 기준은 참여기관의 수가 10개 기관 이상인 경우와 미만인 경우로 구분하여 설정하였다. 참여기관이 10개 기관 이상인 경우 참여기관 중에서 80% 이상의 일치가 있을 경우, 일치된 결과를 기준으로 평가하였고, 10개 기관 미만인 경우 주관기관의 예상결과를 기준으로 평가하였다. 삼염기 반복 유전질환인 Huntington’s disease (HD), spinocerebellar ataxia (SCA1, SCA2, SCA3, SCA6, SCA7), spinal and bulbar muscular atrophy (SBMA), fragile X syndrome (FMR1) 검사의 경우, 정성적 결과를 평가에 포함하였지만 정량적 결과는 평가에 포함시키지 않고 참여기관의 분포를 통계값으로 제시하였다.

Table 1 . Results of the molecular diagnostics test survey carried out in 2018–2021.

TestsS*Intended responsesT/A
2018 1st trials
ABO genotype18-01cis-AB/O genotype12/12
18-02A/O genotype12/12
BRCA118-01c.3627dup, p.Glu1210Argfs*9, heterozygote19/19
18-02No variant19/18
BRCA218-03No variant19/18
18-04c.1399A>T, p.Lys467*, heterozygote19/18
TP5318-05c.742C>T, p.Arg248Trp, heterozygote6/6
18-06No variant6/6
ATP7B18-07Probably not Wilson disease8/8
18-08c.2310C>G, p.Leu770=, heterozygote(;)c.2333G>T, p.Arg778Leu, heterozygote8/8
18-10No variant6/6
MT-TK18-11No variant5/5
GJB218-13No variant11/11
18-14c.35del, p.Gly12Valfs*2, heterozygote11/10
18-16No variant6/6
RET18-17No variant8/8
18-18c.2410G>A, p.Val804Met, heterozygote8/8
SCA18-19Normal (no risk of SCA)7/7
18-20Positive, SCA causing allele with full penetrance7/6
APOE genotype18-21APOE ε3/ε3 genotype40/40
18-22APOE ε4/ε4 genotype40/40
Achondroplasia18-23FGFR3, G380R mutation, negative8/8
18-24FGFR3, G380R mutation, positive8/8
MTHFR genotype18-25MTHFR 677T/T homozygous genotype15/15
18-26Homozygous normal (wild type/wild type)15/15
PWS/AS18-27Normal methylation pattern5/5
18-28Angelman syndrome5/5
DMD18-29No deletion/duplication6/6
18-30Exon 45-53 deletion6/6
HD18-31No risk of HD5/5
18-32Full penetrance5/5
FMR118-33Full mutation11/10
18-34No expansion11/11
TGFBI18-35TGFBI, R124H mutation, positive15/15
18-36TGFBI, R124H mutation, negative15/15
SBMA18-37No risk of SBMA5/5
18-38Full penetrance5/5
SMA18-39Reduced probability of SMA7/7
18-40SMN1, Exon7, homozygous deletion7/7
2018 2nd trials
ABO genotype18-03B/O genotype12/12
18-04cis-AB/O genotype12/12
BRCA118-41No variant19/17
18-42c.3756_3759del, p.Ser1253Argfs*10, heterozygote19/18
BRCA218-43c.5576_5579del, p.Ile1859Lysfs*3, heterozygote19/19
18-44No variant19/19
TP5318-45No variant6/6
18-46c.742C>T, P.Arg248Trp, heterozygote6/5
ATP7B18-47c.2310C>G, p.Leu770=, heterozygote(;)c.2333G>T, p.Arg778Leu, heterozygote(;)c.3247C>T, p.Leu1083Phe, heterozygote8/8
18-48Probably not Wilson disease8/8
MT-TL118-49No variant6/6
18-52No variant5/5
GJB218-53c.35del, p.Gly12Valfs*2, heterozygote11/10
18-54No variant11/11
LHON18-55No variant6/6
RET18-57c.2410G>A, p.Val804Met, heterozygote7/7
18-58No variant7/7
SCA18-59Positive, SCA causing allele with full penetrance7/7
18-60Normal (no risk of SCA)7/7
APOE genotype18-61APOE ε4/ε4 genotype42/42
18-62APOE ε3/ε4 genotype42/42
Achondroplasia18-63FGFR3, G380R mutation, positive8/8
18-64FGFR3, G380R mutation, negative8/8
MTHFR genotype18-65MTHFR 677C/T heterozygous genotype15/15
18-66MTHFR 677T/T homozygous genotype15/15
PWS/AS18-67Prader-Willi syndrome5/5
18-68Normal methylation pattern5/5
DMD18-69Exon 2-44 deletion6/5
18-70No deletion/duplication6/5
HD18-71Full penetrance5/5
18-72No risk of HD5/5
FMR118-73No expansion11/11
18-74Full mutation11/10
TGFBI18-75TGFBI, R124H mutation, negative16/16
18-76TGFBI, R124H mutation, positive16/16
SBMA18-77Full penetrance5/5
18-78No risk of SBMA5/5
SMA18-79SMN1, Exon7, homozygous deletion7/7
18-80Reduced probability of SMA7/7
2019 1st trials
ABO genotype19-01A/O genotype13/12
19-02A/O genotype13/13
BRCA119-01c.2157dup, p.Glu720Argfs*6, heterozygote24/19
19-02No variant24/18
BRCA219-03c.755_758del, p.Asp252Valfs*24, heterozygote24/24
19-04No variant24/24
TP5319-05c.722C>T, p.Ser241Phe, heterozygote7/7
19-06No variant7/7
ATP7B19-07c.3191A>C, p.Glu1064Ala, heterozygote(;)c.3207C>A, p.His1069Gln, heterozygote8/8
19-08Probably not Wilson disease8/8
MT-TL119-09No variant6/5
19-10No variant6/6
19-12No variant5/5
19-14No variant10/10
19-16No variant5/5
RET19-17c.2753T>C, p.Met918Thr, heterozygote7/7
19-18No variant7/7
SCA19-19Positive, SCA causing allele with full penetrance7/3
19-20Normal (no risk of SCA)7/7
APOE genotype19-21APOE ε3/ε3 genotype46/46
19-22APOE ε3/ε3 genotype46/46
Achondroplasia19-23FGFR3, G380R mutation, positive8/8
19-24FGFR3, G380R mutation, negative8/8
MTHFR genotype19-25MTHFR 677C/T heterozygous genotype16/16
19-26MTHFR 677C/T heterozygous genotype16/16
PWS/AS19-27Prader-Willi syndrome6/6
19-28Normal methylation pattern6/6
DMD19-29Exon 45 deletion6/6
19-30No deletion/duplication6/6
HD19-31Full penetrance6/6
19-32No risk of HD6/4
FMR119-33Full mutation10/10
19-34No expansion10/8
TGFBI19-35TGFBI, R124H mutation, negative15/15
19-36TGFBI, R124H mutation, negative15/15
SBMA19-37Full penetrance5/5
19-38No risk of SBMA5/5
SMA19-39SMN1, Exon7, homozygous deletion8/8
19-40SMN1, Exon7, heterozygous deletion8/5
2019 2nd trials
ABO genotype19-03A/O genotype14/14
19-04A/O genotype14/14
BRCA119-41c.798_799del, p.Ser267Lysfs*19, heterozygote23/23
19-42No variant23/23
BRCA219-43c.6198_6199del, p.Ser2067Hisfs*10, heterozygote23/23
19-44No variant23/23
TP5319-45c.743G>A, p.Arg248Gln, heterozygote6/6
19-46No variant6/6
ATP7B19-47c.3191A>C, p.Glu1064Ala, heterozygote(;)c.3207C>A, p.His1069Gln, heterozygote7/6
19-48Probably not Wilson disease7/7
MT-TL119-49No variant4/4
19-50No variant4/4
MT-TK19-51No variant3/3
19-52No variant3/3
GJB219-53c.35del, p.Gly12Valfs*2, heterozygote9/8
19-54No variant9/9
RET19-57c.1859G>T, p.Cys620Phe, heterozygote5/5
19-58No variant5/5
SCA19-59Normal (no risk of SCA)4/4
19-60Positive, SCA causing allele with full penetrance4/4
APOE genotype19-61APOE ε3/ε4 genotype44/44
19-62APOE ε3/ε4 genotype44/44
Achondroplasia19-63FGFR3, G380R mutation, positive6/6
19-64FGFR3, G380R mutation, negative6/6
MTHFR genotype19-65MTHFR 677C/T heterozygous genotype15/15
19-66Homozygous normal (wild type/wild type)15/15
PWS/AS19-67Angelman syndrome4/4
19-68Normal methylation pattern4/4
DMD19-69Exon 45 deletion4/4
19-70No deletion/duplication3/3
HD19-71Full penetrance4/4
19-72Full penetrance4/4
FMR119-73Full mutation8/8
19-74No expansion8/8
TGFBI19-75TGFBI, R124H mutation, negative13/13
19-76TGFBI, R124H mutation, negative13/13
SBMA19-77Full penetrance3/3
19-78No risk of SBMA3/3
SMA19-79SMN1, Exon7, homozygous deletion6/6
19-80Reduced probability of SMA6/6
2020 1st trials
ABO genotype20-01A/O genotype16/16
20-02O/O genotype16/16
BRCA120-01c.2071del, p.Arg691Aspfs*10, heterozygote(;)c.2082C>T, p.Ser694=, heterozygote25/25
20-02No variant25/25
BRCA220-03c.9976A>T, p.Lys3326*, heterozygote25/21
20-04No variant25/25
TP5320-05c.476C>T, p.Ala159Val, homozygote8/8
20-06No variant8/8
ATP7B20-07c.3191A>C, p.Glu1064Ala, heterozygote(;)c.3207C>A, p.His1069Gln, heterozygote9/9
20-08Probably not Wilson disease9/9
MT-TL120-09No variant6/6
20-10No variant6/6
20-12No variant5/5
GJB220-13c.35del, p.Gly12Valfs*2, heterozygote11/9
20-14No variant11/11
20-16No variant6/6
RET20-17c.2753T>C, p.Met918Thr, heterozygote7/7
20-18No variant7/7
SCA20-19Positive, SCA causing allele with full penetrance6/6
20-20Normal (no risk of SCA)6/6
APOE genotype20-21APOE ε3/ε3 genotype47/47
20-22APOE ε2/ε3 genotype47/47
Achondroplasia20-23FGFR3, G380R mutation, POSITIVE8/8
20-24FGFR3, G380R mutation, NEGATIVE8/8
MTHFR genotype20-25MTHFR 677C/Theterozygous genotype14/14
20-26MTHFR 677C/Theterozygous genotype14/14
PWS/AS20-27Angelman syndrome6/5
20-28Normal methylation pattern6/6
DMD20-29Exon 49-52 deletion8/8
20-30No deletion/duplication8/8
HD20-31Full penetrance5/5
20-32No risk of HD5/5
FMR120-33Full mutation9/9
20-34No expansion9/9
TGFBI20-35TGFBI, R124H mutation, NEGATIVE14/14
20-36TGFBI, R124H mutation, NEGATIVE14/14
SBMA20-37Full penetrance4/4
20-38No risk of SBMA4/4
SMA20-39SMN1, Exon7, homozygous deletion9/9
20-40Reduced probability of SMA9/9
2020 2nd trials
ABO genotype20-03O/O genotype16/16
20-04B/O genotype16/16
BRCA120-41c.798_799del, p.Ser267Lysfs*19, heterozygote27/27
20-42No variant26/26
BRCA220-43c.5946del, p.Ser1982Argfs*22, homozygote27/23
20-44No variant27/27
20-46No variant8/8
ATP7B20-47c.2930C>T, p.Thr977Met, heterozygote10/10
20-48Probably not Wilson disease10/10
MT-TL120-49No variant6/6
20-50No variant6/6
20-52No variant5/5
GJB220-53c.35del, p.Gly12Valfs*2, heterozygote(;)c.101T>C, p.Met34Thr, heterozygote12/11
20-54c.79G>A, p.Val27Ile, heterozygote12/10
20-56No variant6/6
RET20-57c.1859G>T, p.Cys620Phe, heterozygote7/7
20-58No variant7/7
SCA20-59Positive, SCA causing allele with full penetrance7/7
20-60Normal (no risk of SCA)7/7
APOE genotype20-61APOE ε3/ε3 genotype49/49
20-62APOE ε3/ε3 genotype49/49
Achondroplasia20-63FGFR3, G380R mutation, POSITIVE8/8
20-64FGFR3, G380R mutation, NEGATIVE8/8
MTHFR genotype20-65MTHFR 677C/Theterozygous genotype15/15
20-66MTHFR 677C/Theterozygous genotype15/15
PWS/AS20-67Prader-Willi syndrome7/7
20-68Normal methylation pattern7/7
DMD20-69Exon 45 deletion8/8
20-70No deletion/duplication8/8
HD20-71Full penetrance6/6
20-72No risk of HD6/6
20-74No expansion10/10
TGFBI20-75TGFBI, R124H mutation, NEGATIVE15/15
20-76TGFBI, R124H mutation, NEGATIVE15/15
SBMA20-77Full penetrance5/5
20-78No risk of SBMA5/5
SMA20-79SMN1, Exon7, homozygous deletion9/9
20-80Reduced probability of SMA9/9
2021 1st trials
ABO genotype21-01B/O genotype18/18
21-02B/O genotype18/18
BRCA121-01c.4327C>G, p.Ser1436=, heterozygote(;)c.4308T>C, p.Arg1443Gly, heterozygote32/30
21-02c.4308T>C, p.Arg1443Gly, heterozygote32/30
BRCA221-03c.6198_6199del, p.Ser2067Hisfs*10, heterozygote32/31
21-04No variant32/32
TP5321-05c.524G>A, p.Arg175His, heterozygote8/8
21-06No variant8/8
ATP7B21-07c.3191A>C, p.Glu1064Ala, heterozygotec.3207C>A, p.His1069Gln, heterozygote10/10
21-08Probably not Wilson disease10/10
MT-TL121-09No variant6/6
21-10No variant6/6
21-12No variant5/5
GJB221-13c.176_191del, p.Gly59Alafs*18, heterozygote(;)c.235del, p.Leu79Cysfs*3, heterozygote9/9
21-14No variant9/9
21-16No variant7/7
RET21-17c.1853G>C, p.Cys618Ser, heterozygote8/8
21-18No variant8/8
SCA21-19Positive, SCA causing allele with full penetrance7/7
21-20Normal (no risk of SCA)7/7
APOE genotype21-21APOE ε3/ε3 genotype50/50
21-22APOE ε3/ε3 genotype50/50
Achondroplasia21-23FGFR3, G380R mutation, POSITIVE8/8
21-24FGFR3, G380R mutation, NEGATIVE8/8
MTHFR genotype21-25MTHFR 677C/Theterozygous genotype14/14
21-26Homozygous normal (wild type/wild type)14/14
PWS/AS21-27Angelman syndrome7/7
21-28Normal methylation pattern7/7
DMD21-29Exon 46-50 deletion8/8
21-30No deletion/duplication8/8
HD21-31Full penetrance6/6
21-32No risk of HD6/6
21-34No expansion10/10
TGFBI21-35TGFBI, R124H mutation, NEGATIVE15/15
21-36TGFBI, R124H mutation, NEGATIVE15/15
SBMA21-37Full penetrance5/5
21-38No risk of SBMA5/5
SMA21-39SMN1, Exon7, homozygous deletion9/9
21-40Reduced probability of SMA9/9
2021 2nd trials
ABO genotype21-03B/B genotype18/17
21-04O/O genotype18/16
BRCA121-41c.5137del, p.Val1713*, heterozygote30/29
21-42No variant30/30
BRCA221-43c.125A>G, p.Tyr42Cys, heterozygote30/29
21-44No variant30/30
TP5321-45c.652_654del, p.Val218del, homozygote8/8
21-46No variant8/8
ATP7B21-47c.2930C>T, p.Thr977Met, heterozygote10/10
21-48Probably not Wilson disease10/10
MT-TL121-49No variant6/6
21-50No variant6/6
21-52No variant5/5
GJB221-53c.35del, p.Gly12Valfs*2, heterozygote(;)c.101T>C, p.Met34Thr, heterozygote8/8
21-54c.79G>A, p.Val27Ile, heterozygote8/7
21-56No variant7/7
RET21-57c.2753T>C, p.Met918Thr, heterozygote8/8
21-58No variant8/8
SCA21-59Positive, SCA causing allele with full penetrance7/7
21-60Normal (no risk of SCA)7/7
APOE genotype21-61APOE ε3/ε3 genotype48/48
21-62APOE ε3/ε3 genotype48/48
Achondroplasia21-63FGFR3, G380R mutation, POSITIVE8/8
21-64FGFR3, G380R mutation, NEGATIVE8/8
MTHFR genotype21-65MTHFR 677C/Theterozygous genotype14/14
21-66MTHFR 677T/Thomozygous genotype14/13
PWS/AS21-67Prader-Willi syndrome7/7
21-68Normal methylation pattern7/7
DMD21-69Exon 4-43 deletion8/8
21-70No deletion/duplication8/8
HD21-71Full penetrance6/6
21-72No risk of HD6/6
FMR121-73No expansion10/10
21-74No expansion10/10
TGFBI21-75TGFBI, R124H mutation, NEGATIVE15/15
21-76TGFBI, R124H mutation, NEGATIVE15/15
SBMA21-77Full penetrance5/5
21-78No risk of SBMA5/5
SMA21-79SMN1, Exon7, homozygous deletion8/8
21-80Reduced probability of SMA8/8

Abbreviations: S, specimen; T/A, total no. of participants/acceptable responses; MELAS, mitochondrial encephalomyopathy, lactic acidosis, and stroke-like episodes; MERRF, myoclonic epilepsy with ragged red fibers; LHON, Leber hereditary optic neuropathy; RET, multiple endocrine neoplasia 2; SCA, spinocerebellar ataxia; APOE, apolipoprotein E; MTHFR, methylenetetrahydrofolate reductase; PWS/AS, Prader-Willi and Angelman syndrome; DMD, Duchenne muscular dystrophy; HD, Huntington’s disease; FMR1, fragile X messenger ribonucloprotein 1; TGFBI, transforming growth factor beta induced; SBMA, spinal and bulbar muscular atrophy; SMA, spinal muscular atrophy.

*Omit ‘GO’ or ‘GG’ from the specimen number.

1. 참여기관 및 검사항목

신빙도조사에 참여한 기관 수는 검사항목에 따라 다소 차이가 있었으나, 2018년부터 2021년까지 전반적으로 증가하는 추세를 보였다. 2018년 1차부터 2021년 2차까지 유전질환 진단유전검사 신빙도조사에 참여한 기관의 수는 각각 연도별 회차별로 46, 47, 53, 51, 54, 56, 59, 57개 기관이었고, 각 기관의 참여종목 수는 한 종목부터 모든 종목까지 다양하였다. 기타 유전검사 신빙도조사에 참여한 기관의 연도별 회차별 수는 앞과 같은 순서로 각각 12, 12, 13, 14, 16, 16, 18, 18개 기관이었다.

유전질환 진단유전검사는 원인 유전변이의 종류 및 유전질환을 고려하여 다음과 같이 총 20종목으로 구성하였다: 유전자 내 다양한 위치의 염기변이에 의해 발생하고 진단을 위해 염기서열검사가 필요한 유전질환 8종목(BRCA1, BRCA2, TP53, ATP7B, FGFR3, GJB2, TGFBI, RET), 특정 변이의 의해 발생하는 미토콘드리아 유전질환 3종(mitochondrial encephalopathy with lactic acidosis and stroke like episodes, myoclonic epilepsy with ragged red fibers, Leber hereditary optic neuropathy), 삼염기 반복이 유전 원인이고 진단을 위해 fragment analysis 또는 repeat-primed polymerase chain reaction (PCR)과 같은 검사가 필요한 유전질환 4종(HD, SCA, SBMA, FMR1), 엑손 수준 이상의 결실이 원인이어서 multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA)과 같은 검사가 필요한 유전질환 2종(Duchenne muscular dystrophy, spinal muscular atrophy), 각인 질환으로 진단을 위해 methylation PCR 또는 methylation-specific MLPA가 필요한 유전질환 1종(Prader-Willi and Angelman syndrome), 그리고 질환 연관성 평가를 위해 유전형 검사가 필요한 2종목(apolipoprotein E genotyping, methylenetetrahydro-folate reductase genotyping), 기타 진단유전검사는 ABO 유전형 검사의 1개 항목으로 구성하였다.

2. 검사방법

참여기관별로 검사에 사용한 검사법은 Table 2와 같았다. 검사법을 입력하지 않은 기관이 있어 검사종목별로 검사법의 비율을 계산하지 않았다. 유전자 내 다양한 위치의 염기변이에 의해 발생하는 질환의 경우, 대부분 염기서열검사를 자체검사법으로 사용하고 있었다. 특정 변이를 검출하기 위한 용도로 real-time PCR을 기반으로 하는 상용 시약이 증가하는 추세를 보였다.

Table 2 . Mutation detection methods used in the molecular diagnostics test survey in 2018–2021*.

TestsMutation detection methodsResponse

2018 1st2018 2nd2019 1st2019 2nd2020 1st2020 2nd2021 1st2021 2nd
ABO genotypeAllele-specific PCR11111111
Sanger sequencing99111113131515
Single base extension (SNaPshot)22122222
BRCA1Sanger sequencing1919222325273230
BRCA2Sanger sequencing1919242325273230
TP53Sanger sequencing63768888
ATP7BSanger sequencing8176991010
Single base extension (SNaPshot)1
MT-TL1Sanger sequencing62646666
MT-TKSanger sequencing51535555
GJB2Sanger sequencing11510891088
Real-time PCR, melting curve analysis1111
Real-time PCR11
LHONSanger sequencing51425566
Single base extension (SNaPshot)1011111
RETSanger sequencing82757788
SCAPCR and fluorescent based capillary electrophoresis (fragment length analysis)77746777
APOE genotypeAllele-specific PCR55643444
Line probe assay (LIPA)1
PCR and gel electrophoresis11112211
PCR (include multiplex), gel electrophoresis33322122
Real-time PCR2528323234333331
Real-time PCR, hydrolysis probe11123333
Real-time PCR, melting curve analysis11111456
RFLP (restriction fragment length polymorphism)11
Sanger sequencing22222221
AchondroplasiaSanger sequencing88868888
MTHFR genotypeAllele-specific PCR11111
PCR and gel electrophoresis111111
Real-time PCR213333
Real-time PCR, hydrolysis probe223322
Real-time PCR, melting curve analysis111111
RFLP (restriction fragment length polymorphism)311222
Sanger sequencing4133333
Single base extension (SNaPshot)11111
PWS/ASPCR and gel electrophoresis, methylation specific42333
MLPA, methylation specific113344
HDPCR and fluorescent based capillary electrophoresis (fragment length analysis)515666
FMR1fragile X messenger ribonucleoprotein 1745688
Southern blot1
Triplet repeat primed PCR and fluorescent based capillary electrophoresis314422
TGFBISanger sequencing119858787
SBMAReal-time PCR34445555
Real-time PCR, hydrolysis probe13341323
PCR and fluorescent based capillary electrophoresis (fragment length analysis)514555
RFLP (restriction fragment length polymorphism)202111
MLPA, methylation specific11

Abbreviations: PCR, polymerase chain reaction; RET, multiple endocrine neoplasia 2; HD, Huntington’s disease; SCA, spinocerebellar ataxia; SBMA, spinal and bulbar muscular atrophy; LHON, Leber hereditary optic neuropathy; MELAS, mitochondrial encephalomyopathy, lactic acidosis, and stroke-like episodes; MERRF, myoclonic epilepsy with ragged red fibers; PWS/AS, Prader-Willi and Angelman syndrome; DMD, Duchenne muscular dystrophy; MLPA, multiple ligation probe amplification; SMA, spinal muscular atrophy; APOE, apolipoprotein E; MTHFR, methylenetetrahydrofolate reductase; FMR1, fragile X messenger ribonucleoprotein 1.

*Omit no responses.

3. 신빙도조사 결과

신빙도조사에서 unacceptable 결과를 보인 주요 사례는 아래와 같았다. BRCA1BRCA2 분자진단검사에서 검사영역 외 변이를 보고하여 2018년부터 2019년 까지 매 회차 불일치 판정을 받는 예가 발생하였다. 변이를 검출하지 못해 no variant로 잘못 보고하는 경우가 각각 2018년 1차, 2019년 1차, 2020년 2차, 2021년 1차, 2021년 2차에 있었다. Zygosity를 잘못 보고하는 경우도 매년 반복되었다. Variant 결과 해석과 interpretation에서 예상결과와 불일치를 보였던 예는 다수의 기보고가 있는 변이를 기보고가 없다고 보고한 1예, null variant이지만 BRCA2-연관 암의 위험을 증가시키지 않는 것으로 알려진 BRCA2:c.9976A>T, p.Lys3326*,heterozygote 변이를 pathogenic variant로 해석한 4예, benign 혹은 likely benign으로 분류되어야 할 변이를 variant of uncertain significance로 보고한 1예, benign 혹은 likely benign 변이만 검출되었다고 보고하면서 동시에 inconclusive로 해석한 1예가 있다. Nucleotide 위치가 c.6198인 변이를 c.61988로 잘못 표기해 불일치 판정을 받은 기관도 있다. 모든 기관이 예상과 동일한 답변을 제시한 유일한 회차는 2019년 2차였다.

TP53 항목은 2018년 1차에 pathogenic variant를 neutral variant로 보고한 것 외에는 모두 일치하는 결과를 보고하였다. 2020년 2차 TP53 분자진단검사 GG-20-45는 전체 기관의 결과를 “ungraded”로 판정하였다. 인접한 위치에서 2개 이상의 변이가 확인될 경우, phasing (allelic location of variants)을 확인할 필요 없이 개별 변이로 보고하길 안내문을 통해 권고하였으나, c.817C>T와 c.818G>A로 개별 보고한 기관이 6개, c.817_818delinsTA로 보고한 기관이 2개였다.

SCA 분자유전자검사에서 예상결과와 불일치했던 1예로 2018년 1차의 경우, 해당 기관은 SCA2만 검사하는 기관이었다. 따라서 SCA7 염기 반복구조 증폭을 검출하지 못해 no risk for SCA로 잘못 보고 하였다.

FMR1 분자진단검사에서는 성별을 반대로 보고한 기관이 2018년도 2차에 1개, 2019년도 1차에 2개였다. 2018년도 1차에서는 다른 기관들은 모두 full mutation으로 해석하였으나, 이와 달리 premutation으로 보고한 기관이 1개였다.

DMD 분자진단검사는 2018년 2차의 GG-18-69와 GG-18-70의 결과를 반대로 입력한 1예 외엔 매 회차 모든 기관에서 예상결과와 일치하는 결과를 보고하였다.

매 회차 각 종목에 참여한 모든 기관의 수의 합과 acceptable response를 보인 모든 기관의 수의 합을 이용한 정답률은 2018년 1차부터 2021년 2차까지 순서대로 98.43%, 99.31%, 92.16%, 99.51%, 98.58%, 98.64%, 99.08%, 98.68%였다.

Unacceptable 결과의 종류와 추정되는 원인, 각각에 해당되는 예의 수를 정리한 표는 Table 3과 같다.

Table 3 . Categories of incorrect answers.

ScenarioNo. of cases
Report variants that don’t exist1
Fail to report variants23
Report variants that is outside of testing regions9
Report wrong zygosity of variants7
Clerical error4
Wrong test sample1
Nucleotide number typo2
Wrong gene name1
Incorrect interpretation of variants21
Fail to search previously reported cases of variants1
Misinterpreting pathogenicity of variants17
Misidentify patients' gender3

기타 진단유전검사 ABO 유전형 검사에서 2019년 1차에 1기관, 2021년 2차에 2기관이 각각 1항목, 2항목에 불일치한 결과를 보고하였다.

2018–2021년도 진단유전검사 신빙도조사의 경우, 2019년 1차 1회를 제외하고 정답률 98%를 상회하는 우수한 결과를 보였다. 하지만 일부 검사 및 보고단계에서 다음과 같은 사항에 대해 주의 및 개선이 필요할 것으로 판단되었다.

염기서열변이 기술 시 Human Genome Variation Society (HGVS)의 최신 표준권고안을 참고하도록 안내하고, 또한 triple-letter amino acid code를 사용하도록 권장하였으나, 각 기관마다 nucleotide level과 protein level의 다양한 변이 기술방법을 보여주었다. 유전질환에 대한 이해와 유전진단 기술이 발전하면서 HGVS 권고안 역시 계속 개정되므로 항상 최신의 권고안을 숙지할 수 있도록 기관 내 교육이 필요할 것으로 보인다[1,2].

단순 오타나 잘못된 검체번호에 결과를 입력하는 등 사무적 오류로 인한 부적합 결과가 반복적으로 관찰되었다. 잘못된 검체번호에 결과를 입력한 경우는 최종 입력과정이 아니라 검체 접수과정, 즉 환자-검체 일치과정부터 잘못되었을 수 있다. 따라서 접수에서 최종 보고에 이르기까지 다양한 단계에서 발생할 수 있는 사무적 오류를 적시에 확인하고 수정할 수 있도록 체계를 구축할 필요가 있다.

마지막으로 일부 기관의 경우 제시된 reference transcript와 상이한 자체 reference transcript를 사용함으로써, 다른 참여기관과 다른 결과를 보고하는 경우가 있었다. 매회 신빙도조사 안내문에 각 검사항목의 reference transcript 및 주의사항을 제시하고 있으므로, 반드시 이를 확인하는 과정이 필요할 것으로 보인다[3].

  1. Den Dunnen JT, Dalgleish R, Maglott DR, Hart RK, Greenblatt MS, McGowan-Jordan J, et al. HGVS recommendations for the description of sequence variants: 2016 update. Hum Mutat 2016;37:564-9.
    Pubmed CrossRef
  2. Richards S, Aziz N, Bale S, Bick D, Das S, Gastier-Foster J, et al. Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology. Genet Med 2015;17:405-24.
    Pubmed KoreaMed CrossRef
  3. Kim MJ, Yoon MH, Song JY, Cho SI, Park SS, Seong MW. Report on the external quality assessment scheme for molecular diagnostics in Korea (2017). J Lab Med Qual Assur 2018;40:199-210.

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